El Club Deportivo Alcalá quedó oficialmente constituido el 13 de octubre de 1945.
La fundación se llevó a cabo en plena posguerra, al fusionarse cuatro equipos alcalareños que venían compitiendo en temporadas anteriores: el Guadaíra C.F,, la Unión Deportiva de Alcalá, el Victoria Club de Fútbol y el Arenas club de Fútbol; a iniciativa fundamentalmente de Julio García. Se adoptó ya desde el principio la indumentaria actual conformada por camiseta blanca y pantalón azul. En sus primeras veinte temporadas, hasta 1965 competía en el estadio Santa Lucía. El primer presidente fue Matías Casado Rodríguez y su primer entrenador, el ex-jugador del Sevilla Manuel Palencia Rodríguez.
Si bien en la temporada 1945-46 compite en Segunda Regional, rápidamente asciende a primera y sucesivamente a Regional Preferente, donde ya en la 1947-48 queda campeón fracasando en la liguilla de ascenso a Tercera, y posteriormente prosigue hasta la 1964-65.
Coincidiendo con el primer ascenso a Tercera División, se inaugura el 12 de septiembre de 1965 el nuevo Campo Municipal de deportes de la Victoria, que años más tarde (1974) sería conocido como estadio Francisco Bono, en honor al presidente de aquellos años que en 1967-68 logra una meritoria sexta plaza en tercera, hasta ese momento el puesto más elevado conseguido por el Alcalá.
No obstante, dos temporadas más tarde, al terminar la 69-70 una reestructuración global del fútbol español causó indirectamente su descenso a regional preferente, al no conseguir ocupar alguna de las plazas que darían derecho a continuar en tercera. Durante el mandato de Francisco Bono Hartillo, el club fue filial de facto del Sevilla F.C. lo cual posibilitó que determinados jugadores de la cantera de éste pasaran en esos años por el Alcalá como fue el caso del portero Paco Ruiz Brenes (69-70); José Luis Zunino -posteriormente en primera con el Granada- Manuel Muñoz "Blanquito"; Juan María Rivas, Torres, Jurado y otros.
Durante los años setenta se mantiene el club en decadencia siempre en regional preferente. Miguel Cerquera sucede en la presidencia a Francisco Bono y el club llega a bajar de preferente a primera Regional al quedar colista en la 1974-75.
En la 75-76 el equipo queda encuadrado en el grupo 2 de primera regional, descendiendo nuevamente al quedar decimocuarto de 22 clubs, con 34 puntos. Resulta especialmente dramático, al tener que competir para la 76-77 en Segunda Regional, la categoría más baja en la que haya militado el Alcalá.. El descenso se consumó el 6 de junio de 1976 al perder 3-1 con el Sanluqueño.
Dos años más tarde, en la temporada 77-78 el Alcalá batió un record al ganar los 31 partidos en juego de la Segunda Regional de dicha temporada marcando 146 goles (casi 5 por partido) de los que 49 fueron de Manuel Jiménez "Parri".
En la temporada 1978-79 el Alcalá jugó en el grupo 1 de la primera regional andaluza quedando nuevamente campeón, en este caso de un grupo de 22 equipos en los que totalizó 63 puntos. Para la 79-80 quedó décimo en Preferente, en mitad de la tabla con 39 puntos en 38 partidos. Ya en la 80-81 el equipo queda campeón de grupo, ascendiendo matemáticamente al ganar en la penúltima jornada en casa 3-0 al Carmona, pudiéndose así permitir el lujo de perder 3-0 en Brenes, que quedó subcampeón. Fue presidente Francisco José Sánchez Araújo y entrenador González Flores.
Entre 1981 y 1984, el club se mantiene por tres años en tercera división siempre en la parte baja de la tabla, terminando por descender al quedar 18º en la 83-84. En esos años juegan Richard, Selu, Osorio, Peñalosa, Funes, Charly, Francis, Gallego y Medina en la portería.
En 1984 comienza una etapa de diecisiete años en la cual el club no solo no logra el ascenso a tercera sino que lllega incluso a descender a primera regional sevillana. Se sucedieron en la presidencia: Ricardo Álvarez, Vicente Herrera, Miguel Ángel García, Francisco López y José Luis García, con quien el equipo desciende a primera regional en la 95-96.
En la temporada 1997-98 hay un punto de inflexión al ascender de primera a preferente un equipo dirigido por Paradela y presidido por Joaquín Espina, cuyos puntales son: Rarra, Agustín, Manolito, Álvarez, Victor Sánchez, Salvio, Javi, López, Cachu, Girón, Manu etc. Javier Olivero sucede entonces a Espina en la presidencia y con Mariano Pulido de entrenador.
Al término de la temporada 2000-01 logra al fin ascender a tercera división, como subcampeón de la regional preferente sevillana.
A la siguiente 2001-02 queda 12º de 20 equipos permaneciendo en la categoría, pero ya en la 2002-03 logra una proeza al quedar cuarto y participar en la promoción de ascenso a Segunda B, cuyo éxito llegó a rozar con los dedos, en un grupo formado por Marbella, Guadalajara y Cerro Reyes.
En la 2003-04, por primera vez queda campeón de grupo en tercera y esta vez disputa la promoción por eliminatorias, aplastando al Plasencia por 4-0 en los dos campos y finalmente al Hellín (1-1 fuera y 3-0 en el Francisco Bono), entrando por la puerta grande en la segunda división B para la 2004-05.
Esa temporada quedó 15º logrando eludir el descenso que se temió durante toda la campaña. En la 2005-06 se fichó de entrenador a Pedro Buenaventura y quedó octavo, todo un éxito que se convierte en el mayor hasta esa fecha.
Peores fueron las campañas 2006-07; en la primera se eludió el descenso y ya en la siguiente quedó 18º y regresó a tercera.
Nuevamente en tercera división, en la 2008-09 José Antonio Asián logra dejar al equipo cuarto y meterlo de nuevo en la promoción en la que tras eliminar al Moratalla, terminó sucumbiendo ante el Caravaca.
En la 2009/10, por segunda vez en seis años se logró el título de campeón de grupo de tercera división ascendiendo nuevamente a Segunda B al eliminar al canario Corralejo (2-0 fuera y 3-0 en casa).
Esa temporada fue la última en el estadio Francisco Bono, de manera que en la siguiente 2010-11 en Segunda B, hubo de disputar sus encuentros como local en El Viso del Alcor descendiendo directamente.
Desde la 2011-12, compite siempre en tercera división, ahora en el nuevo estadio Ciudad de Alcalá.
